医院拥有31个临床科室，规划床位规模1500张，实际开放800张。其主要特色有：1、具有良好的国际化发展背景。医院目前与十多个国家的三十多个国际顶尖医疗机构建立了姐妹合作关系，分别组建了8个国际联合实验室/中心/基地。2、总体疾病诊治疑难度位于市级医院前列。拥有6个国家重点学科、国家临床重点专科和若干省部级重点实验室、研究所。小儿心脏中心、血液肿瘤中心是全球最大的儿童诊治中心，医教研结构完善，代表国内该领域最高学科水平。近年来，医院疾病诊治疑难危重度指数（cmi）位列市级领先。3.医疗质量处于先进水平。2010年成为国内首家通过jci国际医院认证的儿童专科医院；2018年问鼎上海市政府质量金奖。4、科技创新成果显著。近年来，获得国家自然科学基金数量位列全国儿童专科医院榜首，入围《自然》出版集团中国百强医院，先后以第一单位（或第一合作单位）获得国家科技进步奖8项（占全国儿童医院获奖总数一半以上）。5、积极主动承担社会责任。率先在国内创立医务社会工作部（1998年）；率先启动西部、东北地区儿科医护人员培训计划（2002年）；率先开展“一带一路”援助计划（2012年）；率先开展“无哭声计划”（2014年）……分别获得多个荣誉奖项，并于2017年荣获全国文明单位称号。
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