1938年,原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山(现云南天文台台址)。抗战胜利后,中央研究院天文研究所迁回南京,在凤凰山留下一个工作站,该站隶属关系几经变更,1972年经国家计委批准,正式成立中国科学院云南天文台。2001年,经中央机构编制委员会批准,将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别,并具有法人资格。
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